Daniel Brüggen wurde in Haarlem / Holland geboren, wo er schon früh anfing, Blockflöte zu spielen. Er studierte Blockflöte am Sweelinck-Konservatorium in Amsterdam bei Kees Boeke und machte dort 1983 seinen Abschluss als Solist. Während seines Konservatoriumsstudiums gründete er mit drei Kommilitonen das Amsterdam Loeki Stardust-Blockflötenquartett. Dies erwies sich als außergewöhnliche Kombination von Geistern mit einer starken Entschlossenheit, das Blockflötenquartett und sein Repertoire weiterzuentwickeln. Drei Jahre später, nachdem sie 1981 den Wettbewerb für Alte Musik in Brügge gewonnen hatten, eroberten sie mit ihrem ungewöhnlichen Repertoire und ihrer Ensemble-Perfektion die Welt der Alten Musik und darüber hinaus. Mit diesem Ensemble ist er um die ganze Welt gereist und hat verschiedene Aufnahmen für Decca, Channel Classics und NM Classics gemacht, von denen zwei den renommierten Edison Award gewonnen haben.

Derzeit unterrichtet er am Royal Conservatoire in Den Haag und ist Gastprofessor und Honorary Associate an der Royal Academy of Music in London. Er coacht junge Talente in der Abteilung für Alte Musik sowie Blockflötenkonsortien.

Seit 2001 ist er auch als Filmemacher und Regisseur tätig. Er hat mehrere Clips klassischer Musik produziert: Dokumentarfilme wie Ricercata (2011) eine persönliche Suche nach der Seele des Blockflötisten und andere Dokumentarfilme wie "Sweelinck Fantasies" (2008), "The Leiden Choirbooks" (2010), "FortePiano Collections in England“ (2014), "Kuijken Brothers" (2014), "Master Makers" (2017) und "Sound and Soul" (2019)